flowchart LR qmd --> J([Jupyter]) qmd --> K([knitr]) J --> md K --> md md --> P([pandoc]) P --> pdf P --> html P --> docx
(Web del curso aquí)
20 de mayo de 2024
Veamos algunas de ellas
Una vez hemos generado nuestra web en local con Quarto nos queda subirla a Internet. La documentación oficial de Quarto está aquí
Hay muchos servicios de alojamiento, por ejemplo.
Tarea 6.1a: Subir nuestra web
Para subir nuestra web a nuestro espacio UV, solo tenemos que subir los ficheros de la carpeta docs o _site a la web de la UV
Pero antes, hay que tener activado vuestro espacio web en UV. Veamos cómo hacerlo con este post
Tarea 6.1b: Subir unas slides
Además,
no queremos tener que copiar a mano las referencias y
tampoco queremos tener que cambiar el formato 😱😱 de las referencias si es que decidimos cambiar de revista
Qproject_eurovision/tareas/tarea_6.2_biblio.qmdTarea 6.2: Incorporar y gestionar referencias bibliográficas
Resulta que ya tenemos el documento .bib con la información de nuestras refrencias. Está en: ./assets/refrences.bib
Tenemos que referenciar el documento .bib en el yaml del .qmd. Algo como:
./assets/references.bibUna vez hecho, procesa el .qmd . ¿Qué ha pasado? ¿Se han incorporado las referencias?
No. ¿Por qué? 🤔
Por defecto solo se muestran las referencias que hemos utilizado en nuestro .qmd
Así que, vamos a incorporar en el texto de nuestro .qmd algunas alusiones a nuestras referencias.
Para ello vamos a utilizar el editor Visual de RStudio.
Ahora vamos a añadir una nueva referencia a nuestro fichero .bib. Por ejemplo esta
Para ello, también vamos a usar el editor Visual de RStudio
Insertemos una alusión a esta nueva referencia en el texto de nuestro .qmd; si no, no apareceré en el listado de referencias.
Por defecto Pandoc, y por ende Quarto, usa el “Chicago Manual of Style”, pero podemos cambiarlo.
Por ejemplo, vamos a cambiar el estilo de las referencias a “American Psychological Association”
Para ellos hay que obtener/usar un archivo CSL (Citation Style Language)
Puedes obtener ficheros .csl para multitud de formatos aquí. Solo tenemos que buscar el estilo que queremos y descargarlo.
Por ejemplo, nos descargamos el fichero para el formato APA 7th edition. Este es el enlace de descarga
Para usar el archivo .csl que acabamos de descargar hay que referenciarlo en el yaml, añadiendo algo como:
.qmd. ¿Qué ha pasado? ¿Se han cambiado las referencias?.qmd (o documento fuente) podemos generar documentos en múltiples formatos. Por ejemplo, .html, .docx, .pdf, .epub etc.Otra posibilidad
Los documentos .html que generemos, ya sean estos documentos individuales o dentro de una web, pueden incluir links al mismo documento en otros formatos. Documentación aquí.
El YAML del documento tendría que quedar algo como:
Tarea 6.3: Obtener varios formatos con el mismo .qmd
Procesa el documento: tareas/tarea_6.3_varios-formatos.qmd
Fíjate que el yaml ya está preparado para generar 2 formatos: .html y .docx
Recuerda que hay que hacer el Render desde la Terminal 🤔
.html generados con Quarto, pero …El paquete webexercises soluciona ese problema ya que genera “standalone HTML files that require only a JavaScript-enabled browser”.
El objetivo de webexercises es:
To enable instructors to easily create interactive web pages that students can use in self-guided learning
Tarea 6.4: Jugar un poco con webexercises
Abre el documento: tareas/tarea_6.4_webexercises.qmd
Mira su contenido
Procesa el documento
Abre el documento html que se ha generado y … trata de resolver las preguntas
```{{r}}
#| results: asis
opts <- c(
"Quarto es cuatro en balinés",
answer = "Un sistema de publicación científico-técnica de acceso abierto que es lo más!!!",
"Quarto es una marca de muebles sueca"
)
cat("¿Qué es Quarto?", longmcq(opts))
```pak::pak("webexercises")./tareas/tarea_6.4_webexercises.qmd. La creé con algo como:datos/matriculados.xlsx solo habría que:¿Cómo hacer tablas más chulas?
Tablas estadísticas
Muchas veces hay que presentar los resultados de contrastes o de la estimación de modelos estadísticos. En estos casos, las tablas son una herramienta muy útil para presentar los resultados de una manera clara y concisa.
Vamos a profundizar en ello con este post del blog
El curso se ha centrado en la realización de documentos .html pero desde Quarto se pueden generar documentos en múltiples formatos.
Además, disponemos de plantillas para generar, directamente desde Quarto, documentos en el formato adecuado para un conjunto de Journals. Puedes ver el listado de Journals aquí y aquí
En Rmarkdown tenemos el paquete rticles con plantillas para generar documentos de un conjunto amplio de Journals
Extensión: más sobre publicación en Journals desde Quarto
Un hilo de Mastodon con las vicisitudes de M. Mahoney para publicar en Elsevier desde Quarto:
Journals para publicar código.
Esta charla de Mine Çetinkaya-Rundel habla de este tema en el minuto 14 aprox.
Veamos algunas de ellas
```{mermaid}
gantt
dateFormat YYYY-MM-DD
title Adding GANTT diagram to mermaid
excludes weekdays 2014-01-10
section A section
Completed task :done, des1, 2014-01-06,2014-01-08
Active task :active, des2, 2014-01-09, 3d
Future task : des3, after des2, 5d
Future task2 : des4, after des3, 5d
```gantt dateFormat YYYY-MM-DD title Adding GANTT diagram to mermaid excludes weekdays 2014-01-10 section A section Completed task :done, des1, 2014-01-06,2014-01-08 Active task :active, des2, 2014-01-09, 3d Future task : des3, after des2, 5d Future task2 : des4, after des3, 5d
.html y referenciar términos del glosario en el texto..yml,glossary_path()Se considera a
glossary::glossary("Ishi")el último nativo de la California septentrional que vivió fuera de la influencia de la cultura occidental. Su historia se popularizó a raíz de un libro de Theodora Kroeber, madre de Ursula K. Le Guin.
Vamos a probar a hacer estos botones con la extensión downloadthis.
Para ello vamos a usar la documentación de la extensión y este post del blog del curso.
En el curso se habla de las extensiones. En las slides nº5, concretamente aquí y en este post y en este otro
Aquí un post que cuenta como hacer extensiones
code-fullscreen: permite que al pinchar en un bloque de código, este pase a estar a pantalla completa
nustshell: permite crear “expandable explanations”. Lo mejor es pinchar y ver los ejemplos
collapse-social-embeds: permite crear 6 tipos de nuevos callouts para social contents (Github gist, Twitter tweets, Mastodon toots, y vídeos de Loom, Vimeo y Youtube). Puedes ver un ejemplo aquí. Seguramente acabaré usándolo en el curso!!
downloadthis: permite crear botones de descargar muy chulos. Ya la hemos usado
pointer y quarto-spotlight: 2 extensiones para iluminar/agrandar el puntero del ratón en revealjs slides
line-highlight: similar a code-line-numbers pero ahora es para documentos html, no para RevealJs slides
webR: permite to run R code in the browser without the need for an R server to execute the code!!
Sverto: permite incorporar Svelte components that can seamlessly react to your ObservableJS code!!!
quarto-animate: permite crear unas animaciones muy “aparatosas”. Puedes ver un ejemplo aquí
Desde Quarto se pueden hacer curriculums. Por ejemplo:
Plantilla para crear CV con Quarto: quarto-cv
Otra plantilla para hacer CV’s, de @BeaMilz: el código y el resultado
Tengo el CV en un .docx ¿puedo pasarlo a Quarto? Sí, aquí la explicación. Aconsejan pasarlo primero a Google doc’s
.RmdUn currículum con pagedown::html_resume.
Curriculum con datadrivencv package
.Rmd habían varios paquetes para hacer posters, por ejemplo con posterdown o con pagedown::poster_relaxed..RmdEjemplos que se me han quedado en el tintero (quizás para otra edición)
Tampoco lo he probado, entre otras cosas porque no tengo Stata instalado, pero :
pystata.No he visto que sea posible correr SPSS code dentro de R, pero para que tenemos R GUI’s. Otra comparación de GUI’s. Un post sobre Jamovi
openalexR: “helps you interface with the OpenAlex API to retrieve bibliographic infomation about publications, authors, venues, institutions and concepts”
rscielo: “offers functions to easily scrape bibliometric information from scientific journals and articles hosted on the Scileo Platform
JCRImpactFactor: “JCRImpactFactor: Journal Citation Reports (‘JCR’) Impact Factor by Clarivate Analytics”
Bibliometrix: “bibliometrix package provides a set of tools for quantitative research in bibliometrics and scientometrics”
RISmed: A set of tools to extract bibliographic content from the National Center for Biotechnology Information (NCBI) databases, including PubMed.
Plantilla para compact pdf
Nicola Rennie te dice cómo hacer pdfs parámetrizados: aquí
Quarto YouTube Playlist
Title Pages templates for adding a cover page to your Quarto pdf books. Un ejemplo
Great looking pdf with pagedown: vídeo aquí
Un instituto de física: https://github.com/sebdunnett/quarto-iop
Slides chulas pero sencillas de Mine. El repo aquí
Un ejemplo de slides chulas: Intro to Quarto, el repo aquí.
Un póster con posterdown o con pagedown::poster_relaxed.
Business cards con pagedown::business_card
“Cuadros de mando” con flexdashboard: tienes algunos ejemplos aquí. Permite distintos layouts, incluidos los storyboards, por ejemplo este
Formatos posibles gracias al paquete rmdformats